Hay varios minerales cuyos colores se describen mejor mediante orbitales moleculares sin necesidad de implicar a iones metálicos. Por ejemplo el llamativo color azul profundo de la lazurita (lapislázuli), que contiene unidades moleculares de azufre y no tiene electrones desapareados. Se han discutido muchas posibilidades diferentes, pero parece ser que los niveles excitados de unidades moleculares S^-3 son los que explican su color.