Ya hemos citado que en los minerales alocromáticos el color se debe generalmente a la presencia de impurezas, tales como elementos cromóforos o sustituciones isomórficas que generan centros de color. Pero en otras ocasiones el color puede generarse por inclusiones de minerales coloreados. Por ejemplo, el color naranja rojizo de la cornalina (cuarzo de color rojo claro/anaranjado) se debe a inclusiones de hidróxidos de hierro. La presencia de inclusiones de rutilo en cuarzo le proporciona un color dorado y el color verde del cuarzo prasio está relacionado con inclusiones de espículas de actinolita o láminas de clorita.
